第一步：申請與受理
工程教育認證工作在學校自願申請的基礎上開展。
按照教育部有關規定設立的工科本科專業，屬于中國工程教育專業認證協會的認證專業領域，并已有三屆畢業生的，可以申請認證。申請認證由專業所在學校向秘書處提交申請書。申請書按照《工程教育認證學校工作指南》的要求撰寫。
秘書處收到申請書後，會同相關專業類認證委員會對認證申請進行審核。重點審查申請學校是否具備申請認證的基本條件，根據認證工作的年度安排和專業布局，作出是否受理決定。必要時可要求申請學校對有關問題做出答複，或提供有關材料。
根據審核情況，可做出以下兩種結論，并做相應處理：
（1）受理申請，通知申請學校開展自評；
（2）不受理申請，向申請學校說明理由。學校可在達到申請認證的基本條件後重新提出申請。
已受理認證申請的專業所在學校應在規定時間内按照國家核定的标準交納認證費用，交費後進入認證工作流程。
第二步：自評與提交自評報告
自評是學校組織接受認證專業依照《工程教育認證标準》對專業的辦學情況和教學質量進行自我檢查，學校應在自評的基礎上撰寫自評報告。
自評的方法、自評報告的撰寫要求參見《工程教育認證學校工作指南》。
學校應在規定時間内向秘書處提交自評報告。
第三步：自評報告的審閱
專業類認證委員會對接受認證專業提交的自評報告進行審閱，重點審查申請認證的專業是否達到《工程教育認證标準》的要求。
根據審閱情況，可做出以下三種結論之一，并做相應處理：
（1）通過審查，通知接受認證專業進入現場考查階段及考查時間；
（2）補充修改自評報告，向接受認證專業說明補充修改要求。經補充修改達到要求的可按（1）處理，否則按（3）處理；
（3）不通過審查，向接受認證專業說明理由，本次認證工作到此停止，學校須在達到《工程教育認證标準》要求後重新申請認證。
第四步：現場考查
（一）現場考查的基本要求
現場考查是專業類認證委員會委派的現場考查專家組到接受認證專業所在學校開展的實地考查活動。現場考查以《工程教育認證标準》為依據，主要目的是核實自評報告的真實性和準确性，并了解自評報告中未能反映的有關情況。
現場考查時間一般不超過3天，且不宜安排在學校假期進行。專業類認證委員會應在入校考查前兩周通知學校。
工程教育認證現場考查專家組成員應熟知《工程教育認證标準》，進入學校前至少4周收到自評報告，并認真審閱。考查期間專家組按照《工程教育認證現場考查專家組工作指南》開展工作。
現場考查專家組的組建規定以及現場考查方式參見《工程教育認證現場考查專家組工作指南》。
（二）現場考查的程序
（1）專家組預備會議。進校後專家組召開内部工作會議，進一步明确考查計劃和具體的考查步驟，并進行分工。
（2）見面會。專家組向學校及相關單位負責人介紹考查目的、要求和詳細計劃，并與學校及相關單位交換意見。
（3）實地考查。考查内容包括考查實驗條件、圖書資料等在内的教學硬件設施；檢查近期學生的畢業設計（論文）、試卷、實驗報告、實習報告、作業，以及學生完成的其他作品；觀摩課堂教學、實驗、實習、課外活動；參觀其他能反映教學質量和學生素質的現場和實物。
（4）訪談。專家組根據需要會晤包括在校學生和畢業生、教師、學校領導、有關管理部門負責人及院（系）行政、學術、教學負責人等，必要時還需會晤用人單位有關負責人。
（5）意見反饋。專家組成員向學校反饋考查意見與建議。
（三）現場考查報告
工程教育認證現場考查報告，是各專業類認證委員會對申請認證的專業做出認證結論建議和形成認證報告的重要依據，需包括下列内容：
（1）專業基本情況。
（2）對自評報告的審閱意見及問題核實情況。
（3）逐項說明專業符合認證标準要求的達成度，重點說明現場考查過程中發現的主要問題和不足，以及需要關注并采取措施予以改進的事項。
專家組在現場考查工作結束後15日内向相應專業類認證委員會提交現場考查報告及相關資料。
第五步：審議和做出認證結論
征詢意見
專業類認證委員會将現場考查報告送接受認證專業所在學校征詢意見。學校應在收到現場考查報告後核實其中所提及的問題，并于15日内按要求向相應專業類認證委員會回複意見。逾期不回複，則視同沒有異議。
學校可将現場考查報告在校内傳閱，但在做出正式的認證結論前，不得對外公開。
審議
各專業類認證委員會召開全體會議，審議接受認證專業的自評報告、專家組的“現場考查報告”和學校的回複意見。
提出認證結論建議
各專業類認證委員會在充分讨論的基礎上，采取無記名投票方式提出認證結論建議。全體委員2/3以上（含）出席會議，投票方為有效。同意票數達到到會委員人數的2/3以上（含），則通過認證結論建議。各專業類認證委員會讨論認證結論建議和投票的情況應予保密。
工程教育認證結論建議應為以下三種之一：
（1）通過認證，有效期6年；
（2）通過認證，有效期3年；
（3）不通過認證。
提交工程教育認證報告和相關材料
各專業類認證委員會根據審議結果，撰寫認證報告，須寫明認證結論建議和投票結果，連同自評報告、現場考查報告和接受認證專業所在學校的回複意見等材料，一并提交認證結論審議委員會審議。
認證結論審議委員會審議認證結論
認證結論審議委員會召開會議，對各專業類認證委員會提交的認證結論建議和認證報告進行審議。認證結論審議委員會如對提交結論有異議，可要求專業類認證委員會在限定時間内對認證結論建議重新進行審議，也可直接對結論建議做出調整。
認證結論審議委員會審議認證結論建議時，按照協商一緻的方式進行審議，有重要分歧時，可采用無記名投票方式投票表決。全體委員2/3以上（含）出席會議，投票方為有效。同意票數達到到會委員人數的2/3以上（含），認證結論建議方為有效。
認證結論審議委員會審議認證結論建議時，可根據需要要求專業類認證委員會列席會議，接受質詢。
批準與發布認證結論
理事會召開全體會議，聽取認證結論審議委員會對認證結論建議和認證報告的審議情況，并投票表決認證結論建議。理事會全體會議須邀請監事會成員列席。
理事會全體會議采用無記名投票方式批準認證結論。全體理事2/3以上（含）出席會議，投票方為有效。同意票數達到到會理事人數的2/3以上（含），認證結論方為有效。
如理事會未批準認證結論審議委員會審議通過的的認證結論建議，認證結論審議委員會需按原程序重新審議。重新審議後，再次向理事會提交新的認證結論建議。如果理事會再次投票後仍未批準認證結論，則由理事會直做出認證結論。
理事會批準的認證報告及認證結論應在15日内分送相關學校，如果學校對認證結論有異議，可向監事會提出申訴，由監事會做出最終裁決。
理事會批準的認證結論或監事會做出的裁決由認證協會負責發布。
認證結論
認證結論分為三種：
（1）通過認證，有效期6年；
（2）通過認證，有效期3年；
（3）不通過認證。
結論為“不通過認證”的專業，一年後允許重新申請認證。
第六步：認證狀态的保持與改進
通過認證的專業所在學校應認真研究認證報告中指出的問題和不足，采取切實有效的措施進行改進。
認證結論為“通過認證，有效期3年”的，學校應每年向相應的專業類認證委員會以及秘書處提交改進報告，彙報改進情況和專業進展情況。
認證結論為“通過認證，有效期6年”的，學校應每兩年向相應的專業類認證委員會以及秘書處提交改進報告，彙報改進情況和專業進展情況。
如學校未按時提交改進報告，秘書處将通知其限期提交；逾期仍未提交的，則終止其認證有效期。
通過認證的專業在有效期内如果對課程體系做重大調整，或師資、辦學條件等發生重大變化，應立即向秘書處申請對調整或變化的部分進行重新認證。重新認證通過者，可繼續保持原認證結論至有效期屆滿；否則，終止原認證的有效期。重新認證工作參照原認證程序進行，但可以視具體情況适當簡化。
認證協會可根據工作需要，随機抽取部分專業在認證有效期内開展回訪工作，檢查學校認證狀态保持及持續改進情況。回訪工作參照原認證程序進行，但可以視具體情況适當簡化。
通過認證的專業如果要保持認證有效期的連續性，須在認證有效期屆滿前至少一年重新提出認證申請。