一、個人概況
• 徐淑坦,男,伟德BETVLCTOR,數據科學與大數據技術專業,副教授。
• 在生物信息學頂會RECOMB,Computational and Structural Biotechnology Journal等雜志發表論文10餘篇。
• 開發了多個生物信息學軟件和生物大數據庫,包括虛拟藥物篩選軟件modedock,癌症數據庫tumorsurvival.org,海洋生物基因組數據庫ogd.shou.edu.cn,單細胞測序數據庫singlecell.ogd.shou.edu.cn等。
二、畢業院校及專業
吉林大學,計算機科學與技術,本碩博
三、海外學習經曆
2015/09-2018/10,美國佐治亞大學,生物化學與分子生物系,博士後
四、研究方向
生物信息學,生物大數據挖掘
五、主講課程
數據庫原理與技術,數據挖掘,生物大數據
六、論文
(1) Shutan Xu; Yuan Feng; Shaying Zhao ; Proteins with Evolutionarily Hypervariable Domains are Associated with Immune Response and Better Survival of Basal-like Breast Cancer Patients, Computational and Structural Biotechnology Journal, 2019, 17: 430-440
(2) Shutan Xu; Shuxue Zou; Lincong Wang ; A Geometric Clustering Algorithm with Applications to Structural Data, Journal of computational biology, 2015, 22(5): 436-450
(3) Chen Cao; Shutan Xu ; Improving the performance of the PLB index for ligand-binding site prediction using dihedral angles and the solvent-accessible surface area, Scientific Reports, 2016, 6: 33232
(4) Shutan Xu; Yinhui Leng; Guofu Feng, Chenjing Zhang, Ming Chen ; A gene pathway enrichment method based on improved TF-IDF algorithm, Biochemistry and Biophysics Reports, 2023.06
七、學術著作與教材
陳明,張晨靜,徐淑坦等. Python程序設計基礎(普通高等教育農業農村部十三五規劃教材),中國農業出版社,ISBN:9787109290358,2022.01。
八、承擔主要科研項目
1、縱向課題
[1]. 魚類抗凍基因的生物信息學研究與數據庫構建,上海海洋大學科技發展專項基金,主持,2021-2023年,經費10萬
[2]. 南極魚抗凍基因生物信息學研究與基因組數據庫構建. 水産種質資源發掘與利用教育部重點實驗室課題。主持,2021-2022年.
九、聯系方式
電子郵箱:stxu@shou.edu.cn