為滿足國家和長三角經濟發展對計算機科學與技術人才的需求，上海海洋大學于1994年成功申報計算機科學與技術專業，并于1996年開始正式招生。2006年學院獲批計算機應用碩士點，2011年4月獲批計算機科學與技術一級學科碩士點及計算機技術專業學位碩士點。教師總數35人，專任教師中教授5名、副教授15名、講師13名，其中博士學位29名，2人具有海外博士學位。
專業緊緊依托學校在海洋、水産、食品領域的學科優勢，聚焦智慧海洋和智慧漁業，在海洋物聯網監測關鍵技術、基于雲計算的海洋複雜類型數據存儲與處理技術、動物精細養殖關鍵技術與裝備等方面開展研究。在水産與海洋信息化領域獲上海市科學技術進步一等獎3項、上海市科學技術進步二等獎2項， “以人工智能魚為抓手探索多學科融合的教學設計與創新實踐”項目獲上海市教學成果一等獎，“交叉複合型海洋信息緊缺人才校企協同培養體系的構建與實踐” 項目獲上海市教學成果獎二等獎，2017年獲“中國産學研合作創新成果獎”一等獎。
計算機科學與技術專業擁有多個學科、專業、創新實驗室及研究平台，學科平台包括漁業信息領域全國唯一的部級重點實驗室-----農業部漁業信息重點實驗室、與國家海洋局共建的數字海洋研究所、上海市數字農業工程技術研究中心和上海市農業物聯網工程技術研究中心；專業實驗室包括海洋物聯網技術、嵌入式系統與信息處理、海洋環境檢測技術實驗室、綜合軟件實驗室、信息安全實驗室、網絡工程實驗室、硬件實驗室等專業實驗室；創新實驗室包括人工智能魚實驗室、機器魚實驗室。此外，本專業十二五以來，承擔國家自然科學基金、國家863計劃、國家發改委、上海市科委、上海市農委等項目50餘項，出版《漁業船聯網》、《水産物聯網》、《海洋大數據》、《航運大數據》等多部專著。
計算機科學與技術專業教育教學遵循基于“學習産出”(OBE)的教育理念，結合計算機科學與技術發展和社會需求變化，依托學校“一流”學科建設，面向智慧海洋、智慧漁業，設計符合本校辦學定位的專業培養目标和畢業要求，制定科學合理的培養方案與教學計劃。
專業始終堅持開放的辦學模式，與國内外企業及高校建立了長期廣泛的聯系，先後與全美測評軟件系統（北京）有限公司、東軟集團、文思海輝、寒武紀、新緻軟件、上海中遠咨詢科技有限公司等多家知名企業建立校外實習基地，開展實習實訓。
同時積極開展國際合作，與美國佐治亞西南州立大學信息與計算機學院聯合推出“4+1”本碩連讀模式，與英國愛丁堡龍比亞大學聯合推出“3+1”雙文憑連讀模式等。